Nextflow DSL2
Diseño modular, orquestación, nf-core, reproducibilidad, despliegue en HPC y cloud.
Catálogo de cursos
Programas modulares, impartición presencial, híbrida u online. Contenidos adaptados a los objetivos y al perfil del alumnado.
HPC para bioinformática
Slurm, colas, job arrays, perfiles de recursos, monitorización y rendimiento.
Linux / Bash
CLI, scripting, procesamiento por lotes y automatización trazable.
Conda, Mamba & Singularity/Apptainer
Entornos reproducibles y encapsulado de pipelines; versionado y buenas prácticas.
Análisis bacterianos
Ensamblados, anotación, tipificación, control de calidad y reporting reproducible.
Metagenómica
Preprocesado, taxonomía, cuantificación, MAGs y flujos end‑to‑end.
Python/R para datos ómicos
Dataframes, tidyverse/pandas, visualización, testing y empaquetado.
GitHub, CI/CD y mejores prácticas
Versionado, issues/PRs, acciones automáticas y publicación de resultados.
Experiencia docente (selección)
- Seminario CNM‑ISCIII (2024) — “Introducción a Nextflow y nf‑core”. 3 h.
- Curso HPC‑SLURM (2025) — “Introducción a la programación en entornos HPC”. 20 h.
- Organización y docencia — 1.er Hackathon Nextflow en Madrid (2025) — Instituto de Salud Carlos III y CIBER.
- Curso de programación en R aplicado a ciencias biomédicas — 20 h.
- Tutorías TFM (selección):
- S.G.G — Máster Univ. en Microbiología aplicada a la Salud Pública e Investigación en Enfermedades Infecciosas (2021‑2022). “Análisis del miRNoma en pacientes VIH expuestos al VHC y su impacto en el reservorio viral del VIH”.
- M.E.C — Univ. de Alcalá, Máster Univ. en Microbiología aplicada a la Salud Pública e Investigación en Enfermedades Infecciosas (2020‑2021). “Efectos de la eliminación del virus C en pacientes VIH sobre marcadores de senescencia celular”.
- N.S — Univ. Europea de Madrid, Máster Univ. en Bioinformática (2021-2022). “Identificación de small RNAs en vesículas extracelulares…”.
- G.M — Univ. Europea de Madrid, Máster Univ. en Bioinformática(2021-2022). “Identificación de microRNAs virales en pacientes coinfectados VIH/VHC…”.
- C.M.G.L — Univ. de Alcalá, Máster Univ. en Microbiología aplicada a la Salud Pública e Investigación en Enfermedades Infecciosas (2022-2023). “Caracterización de la resistencia bacteriana a antimicrobianos mediante NGS: evaluación de herramientas bioinformáticas y bases de datos”.
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